Новија истраживања у турским архивима пружила су нове податке о Неготину као насељу које постоји на почетку 16. века са истим именом, на истом месту и са око 55 кућа. Најреалнија је претпоставка да је Неготин као насеље настао након пада Деспотовине 1459. године, када је први снажни талас миграције са Косова, Старог Влаха, Дрине и из Херцеговине почео да продире у земљорадничке крајеве Србије па и до Дунава. Убрзо је неготинска равница била насељена бројним селима.